Terdapat sekitar 20.000 spesies tumbuhan paku yang sudah dikenali dan diklasifikasikan. Klasifikasi tumbuhan paku dapat dilakukan berdasarkan, antara lain sebagai berikut.
Ada atau tidak adanya daun, serta bentuk dan susunan daunnya.
Susunan sporangium, jenis, bentuk, dan ukuran sporanya.
Bentuk, susunan anatomi tubuh, dan lain-lain.
Tumbuhan paku (Pteridophyta) diklasifikasikan menjadi empat subdivisi, yaitu Psilopsida (paku purba), Lycopsida (paku kawat), Sphenopsida atau Equisetopsida (paku ekor kuda), dan Pteropsida (paku sejati).